Отмечая трансформацию гербицидов и других пестицидов в почве, можно указать, что они могут изменяться под воздействием химических и физических факторов, а также в зависимости от поглощения почвенными частицами и т. д. Однако главным фактором, вызывающим изменение гербицидов в почве, являются микроорганизмы.

Из чисто химических процессов, затрагивающих гербициды, следует отметить, прежде всего, реакцию гидролиза, которая часто ускоряется глинистыми минералами. Гидролизу в почве подвергаются весьма различные соединения (триазины, фосфорорганические препараты и т. д.), а дальнейшее разрушение их осуществляется микроорганизмами.

Каждое химическое вещество разлагается в почве лишь определенными группами микроорганизмов. Его «едят» многие виды бактерий родов бактериум, ахромобактер, микобактериум и т. д. Возникает весьма важный в практическом отношении вопрос: за какой срок обезвреживаются в почве внесенные в нее гербициды? Пока нельзя сделать точных научно-обоснованных выводов для каких-либо конкретных случаев.

Установлено, что на разложение гербицидов в почве влияет целый ряд факторов, свойства самой почвы, ее температура, влажность, и в зависимости от этого срок разложения гербицидов в почве может существенно сокращаться или удлиняться. Без учета химического состава гербицидов и почвенно-климатических условий нельзя получить даже примерного представления о быстроте их распада. Известны случаи, когда в европейских странах практика сельского хозяйства ориентировалась на данные о разложении симазина, полученные на Американском континенте.

Но оказалось, что европейские особенности климата внесли свои коррективы, и в результате пшеница, высеянная после кукурузы, обработанной симазином, резко снижала урожай. На быстроту распада гербицидов большое влияние могут оказать присутствующие в почве легкодоступные для микроорганизмов органические и минеральные соединения.

Гербициды легче всего разлагаются при одновременном развитии микроорганизмов, окисляющих разные органические вещества. Такие сопряженные микробиологические реакции получили наименование кометаболизма (Г. К. Скрябин, Л. А. Головлева). При кометаболизме разрушение пестицидов осуществляется смесью культур разных микроорганизмов. Иногда при частичном разрушении гербицида могут возникать сильно токсичные вещества.