Назвав почву «живым особого рода телом», В. В. Докучаев провидчески предвосхитил новейшие исследования почвенных микробиологов, сформулировавших представление об экологических нишах в почвенной структуре. Оказывается, почвенные микробы отнюдь не равномерно распределены по структуре пахотного слоя. Подобно всей живой материи земного шара они группируются в местах, где содержится наибольшее количество питательных веществ.

Эти места были названы экологическими нишами. Экологические ниши зависят от структуры почвы, степени ее измельченности и характера поступающих продуктов питания, будь то растительные остатки, живая и мертвая микрофауна или даже живые микроорганизмы. По мере истощения запасов пищи, засорения и отравления ее продуктами выделения микробы либо погибают и становятся пищей других организмов, либо ищут новые места обитания.

Разнообразные перемены в пищевых ресурсах заставляют микробов кочевать в почвенной структуре. Это явление называют мозаичной, динамичной системой. Развитие и рост бесчисленного множества микроскопических существ в недрах почвы придает ей характер живого тела со своими характерными обменными реакциями. Если учесть способность почвы сохранять в определенных пределах постоянство своей внутренней среды, так называемый гомеостаз, то аналогия с живым организмом еще больше усилится.

Микроорганизмы определяют биологические свойства почвы, а множественные химические и биохимические реакции между соседствующими физиологическими группами почвенных микробов связывают почвенные процессы в некое единство, обладающее внутренней устойчивостью при воздействии на нее факторов внешней среды. Метаболизм почвы в общем виде зависит от системы внутренних взаимосвязей сообщества микробов.

Разрыв одного единственного звена в микробиологической нише или подавление отдельной функции в этой системе может привести к нарушениям всей цепи питания. Говоря фигурально, почва выступает как хрупкое существо, подверженное губительному действию резких воздействий и внешних перемен. В этой связи особенно важно оценить перспективы почвообразовательного процесса в связи с загрязнением окружающей среды.